Jurgis Matulaitis 1914-aisiais apsilanko Lietuvoje, veda kunigams rekolekcijas. Prasideda I Pasaulinis karas. Matulaitis bando grįžti į Šveicariją, bet įstringa Lenkijoje. Negaišdamas laiko veltui, 1915 m. Bielianuose įkuria marijonų vienuolyną, ten taip pat globoja karo našlaičius. Pats važiuoja į Varšuvą jiems maisto ieškoti, nepaisydamas vokiečių okupacinės valdžios pašaipų.

Karui 1918 m. pasibaigus, grįžta į Marijampolę pasitraukę marijonai. Matulaitis organizuoja karo apgriauto vienuolyno atstatymą, mėgina įvesti jame vienuolinį gyvenimą.

Taip pat kuria ir Vargdienių seserų vienuoliją. Per trumpą laiką parašo konstituciją ir duoda ją patvirtinti Seinų vyskupui Karosui. Šis ją patvirtina ir įkuria specialiu dekretu 1918-10-15.

Šv. Tėvas Pijus XI skiria Jurgį Matulaitį Vilniaus vyskupu ir 1918 m. gruodžio 1 d. įvyksta konsekracija. Gruodžio 8 d., per Palaimintojo globėjos Mergelės Marijos Nekalto Prasidėjimo iškilmę, jis įžengia į Vilniaus katedrą. Ingreso metu prakalbą pasakė ir lietuviškai, ir, kaip rašo, jo draugas ir bendražygis P. Būčys, tai buvo pirmoji nuo XV a., o galbūt ir iš viso pirmoji prakalba, pasakyta lietuviškai.

Vilniaus vyskupu Palaimintasis Jurgis prabuvo 7 metus, kurie buvę ypatingai įtempti, kai nuolat keitėsi valdžios, tarpusavyje kovojo lietuviai, lenkai, rusai. Ne kartą vyskupo namuose bolševikai darė kratas, kartą vyskupijos kurijoje bandė įsikurti Liaudies švietimo komisariatas. Perimdavę valdžią lenkai taip pat vyskupui nebuvo palankūs. Jo draugas prisimena: „Tada prasidėjo pačios sunkiausios vyskupo dienos. Jie mėgdavo kelti įvairiausias iškilmes, reikalaudavo, kad Vyskupas jose dalyvautų ir reikšdavo jam kartais paniekos, kartais neapykantos, kartais abiejų. Tam tikros rūšies spauda ėmė pilti šmeižtų pamazgas ant Vyskupo. Buvo net ir kunigų, dalyvavusių tuose negražiuose darbuose. Vyskupas kentė. Už tas jam tekusias nuoskaudas jis nebausdavo nė vieno." (Vysk. dr. P. Būčys. Bažnyčios ir tautos darbininkas./ Arkivyskupas Jurgis Matulevičius. 1933 m., psl. 26-27). Ir pats Matulaitis savo Užrašuose rašė: „Vilniuje man buvo labai sunku. Tikrai čia kelias nuklotas erškėčiais." Tačiau nežiūrėdamas į tai, kad buvo nuolat pančiojamas, stabdomas ir ribojamas, jis nenusivylė, nenuleido rankų, nepasidavė apatijai, o darė, ką geriausio toje situacijoje galėjo.

Trokšdamas, kad Dievo karalystė vis labiau plistų, o Dievas būtų vis labiau mylimas ir garbinamas, 1924 m. įsteigė dar vieną vienuoliją – Jėzaus Eucharistijoje Tarnaičių seserų kongregaciją.