Dėstydamas Petrapilyje, Matulaitis nusprendžia pakreipti savo gyvenimą nauju keliu. Nuvykęs į Romą gauna leidimą atgaivinti ir atnaujinti mirštančią marijonų kongregaciją. 1909 m. vasarą slapta duoda vienuolinius įžadus. Paruošia naujus įstatus, kuriuos Roma patvirtina 1910 m.

Taip pat 1910 m. rudenį pradeda rašyti asmeninius užrašus, kuriuose svarsto aktualius vienuolinio ir dvasinio gyvenimo klausimus.

Iš pradžių marijonų noviciatas įsikuria Petrapilyje, kur profesoriauja kun. Jurgis, tačiau, pajutus, kad yra stebimas, 1911 m. rugpjūčio mėnesį perkeliamas į Fribūrą, kur susilaukia daug naujų pašaukimų. P. Būčys rašo: „1911 m. J. Matulevičiui kategoriškai pareiškus, kad atsižada profesūros ir inspektūros, visi labai nustebo, nes nežinojo, kad jis tą daro paaukodamas profesoriškąją karjerą Vienuolijos reikalams. Tai buvo nemažas pasiaukojimas, nes iš Akademijos inspektorių žmonės paprastai eidavo į vyskupus." (Vysk. dr. P. Būčys. Bažnyčios ir tautos darbininkas./ Arkivyskupas Jurgis Matulevičius. 1933 m., psl. 21). Laikas Fribūre buvo ir gražus, ir sunkus – Matulaitis galėjo atsidėti tam, apie ką svajojo – vienuolių ugdymui ir lavinimui. Vysk. Henrykas Przezdzieckis iš to laikmečio prisimena: „Tame tyliame šveicarų name tarp pirmųjų marijonų viešpatavo nežemiška santaika ir džiaugsmas. Kunigas Jurgis sirgdamas, visus metus apraišiotas tvarsčiais, niekuomet nesiskundė, visuomet prieinamas, linksmas, pilnas Dievo malonės, apie Dievą kalba, prie Dievo veda, dėl Dievo dirba, per Dievą nori visus laimingus padaryti" (Vysk. H. Przezdziecki./ Arkivyskupas Jurgis Matulevičius. 1933 m., psl. 102). Tačiau buvo ir sunkumų – Fribūro universiteto profesorius Decurtins'as, įtardamas, kad Matulaitis katalikiško universiteto pašonėje įkūrė modernistų auklėjimo įstaigą, apskundė jį Romai (P. Būčys, 25). Vėl bereikalinga įtampa.

1913 m. vasarą keliauja į Ameriką, įkuria Čikagoje marijonų namus ir veda rekolekcijas seserims kazimierietėms. Kviečiamas skaito paskaitas ir socialiniais klausimais keliose lietuvių kolonijose. Garsėja kaip rekolekcijų vedėjas ir įtaigus pamokslininkas. „Didelėje jo pamokslų daugybėje, kuriuos man teko girdėti, skambėdavo styga, kviečianti klausytojus į šventumą. Aš manydavau, kad to per daug, nes mums pirma reikia pasiekti daug žemesnius dorovingumo laipsnius. Man labiausiai nepatikdavo, kad a. a. Arkivyskupas į šventumą ragindavo ištaigose paskendusius amerikiečius. Dabar aš suprantu, kad jis, kalbėdamas kitiems, kalbėdavo drauge ir sau." (Vysk. dr. P. Būčys. Bažnyčios ir tautos darbininkas./ Arkivyskupas Jurgis Matulevičius. 1933 m., psl. 24).